»Die Binnengrenzkontrollen müssen so lange ausgeführt werden, solange die EU es nicht schafft, die Außengrenzen wirksam zu schützen und zu kontrollieren. Auf absehbare Zeit sehe ich im Augenblick nicht, dass ihr das gelingen wird«, sagte der CSU-Vorsitzende der »Welt am Sonntag«. »Es sind nicht allzu viele Grenzstellen in Deutschland derzeit dauerhaft besetzt. Auch darüber wird nun zu reden sein, ob das so bleiben kann.« Es gehe nicht nur darum, Menschen von illegalen Grenzübertritten abzuhalten, sondern auch um andere Schutzfunktionen.
Um die Abschiebungen abgelehnter Asylbewerber zu beschleunigen, fordert Seehofer unter anderem mehr Stellen für Verwaltungsrichter. Er wolle sich möglichst bald mit den Bundesländern zusammenzusetzen, um Abschiebungshindernisse zu identifizieren. Dann sollte entschieden werden, »wo wir Gesetze ändern müssen, wo wir Vereinbarungen mit den Herkunftsländern brauchen, wo wir den Ländern und den Behörden bei der Durchführung der Abschiebungen helfen können.« Seehofer wiederholte den Vorschlag seines Amtsvorgängers Thomas de Maizière (CDU), bei Abschiebungen den eigentlich zuständigen Ländern zu helfen. »Dabei könnte der Bund mehr Verantwortung übernehmen.«
Mit Blick auf das Ringen mit einigen osteuropäischen EU-Ländern, die sich der Flüchtlingsverteilung widersetzen, warf Seehofer der EU-Kommission vor, bei ihr habe sich »ein belehrender Ton« eingeschlichen, der kontraproduktiv sei. Er erwähnte ein bereits diskutiertes Modell: »Wenn wir geduldig weiter verhandeln, wird man einen Großteil der Länder für die Flüchtlingsverteilung gewinnen. Ein anderer Teil der Länder wird sich in anderer Form daran beteiligen, etwa indem diese Länder mehr Personal an die Grenzen entsenden oder Geld für die gemeinsame Grenzsicherheit geben.«