Nach Einschätzung des Flughafensprechers dürften vor allem Kunden der Lufthansa und ihrer Partnerairlines vom Bündnis Star Alliance von den Ausfällen betroffen gewesen sein. Von der Lufthansa gab es zunächst keine Auskunft zum Ausmaß der Probleme und des Schadens bei der Airline. Sie wies ihre Kunden darauf hin, dass es zu längeren Wartezeiten an den Schaltern kommen könne. Passagiere sollten sich über die Homepage der Airline über Abflugzeiten informieren.
Die Räumung von zwei Abflughallen hatten am Samstag zu chaotischen Zuständen in Terminal 2 des Airports geführt. Grund war eine Frau, die am Morgen aus bislang ungeklärten Gründen unkontrolliert in den Sicherheitsbereich gelangt war. Wegen des Sommerferienbeginns in Bayern waren besonders viele Menschen am Flughafen unterwegs. Von etwa 800 geplanten Flügen von Terminal 2 wurden rund 300 gestrichen.
Nachdem die Bundespolizei die Abflughallen evakuiert hatte, drängten sich Tausende im Check-in-Bereich des Terminals und vor den Sicherheitsschleusen. Zunächst hatte es wenige Informationen für die Reisenden gegeben. Per Lautsprecher wurde dazu aufgerufen, Ruhe zu bewahren. Flughafenpersonal gab Wasser an die Wartenden aus. Mit speziellen Großlüftern blies die Feuerwehr zudem frische Luft in die überhitzte Wartehalle. Sanitäter versorgten rund 30 Menschen wegen Kreislaufproblemen.
Auch am Tag nach dem großen Chaos bildeten sich lange Schlangen an den Schaltern der Airlines. Hunderte Passagiere warteten geduldig, um Flüge umzubuchen oder Informationen über alternative Reisemöglichkeiten, etwa mit der Bahn, zu erhalten. Die Lufthansa hatte ihre Passagiere am Samstag gebeten, bei Reisen im Inland auf Züge umzusteigen. Die Probleme in München wirkten sich auch an den Zielflughäfen aus, Flugpläne gerieten völlig durcheinander.
Am Samstagabend hatten Behörden die Frau identifiziert, die in den Sicherheitsbereich gelangt war. Nach Angaben der Regierung von Oberbayern, die für die Fluggastkontrollen zuständig ist, handelte es um eine etwa 40 Jahre alte Frau. Warum sie ohne von Sicherheitsleuten kontrolliert zu werden in den gesicherten Bereich der Abflughalle gelangen konnte, war auch am Sonntagmittag noch ungeklärt.
Der Airport besteht aus zwei Abfertigungsgebäuden. Das betroffene Terminal 2 wird gemeinsam von einer Betreibergesellschaft und der Lufthansa gemanagt. Von dort aus heben die Maschinen von Deutschlands größter Fluggesellschaft und deren Partner-Airlines ab. Kaum betroffen von den chaotischen Zuständen war das Terminal 1.